В 1764 году в Московской евангелическо-лютеранской церкви св. Архангела Михаила был установлен новый алтарь в стиле барокко. Четыре витые колонны и статуи Ангелов обрамляли две картины, из коих большая (верхняя) представляла Вознесение Господне, а малая (нижняя) - Тайную вечерю. Алтарь находился в церкви вплоть до её закрытия в 1928 году, после чего был передан в Государственный Музей Архитектуры им. Щусева и в течение многих лет находился в его филиале, размещавшемся в Донском монастыре. После возвращения монастыря Русской Православной Церкви настоятель потребовал убрать неправославный алтарь, находившийся в главном монастырском соборе. Вследствие того, что музей не имел помещения подходящих размеров (высота алтаря составляет около 7 метров), было дано согласие на его перемещение в наш собор.

В российских лютеранских церквах алтари в стиле барокко исчислялись единицами. Как правило, они изготавливались в стилях неоготическом, классическом или модерн. Поэтому поистине удивительно, что именно алтарь из церкви св. Михаила на сегодняшний день является единственным историческим лютеранским алтарём России, сохранившимся до нашего времени. После реставрации алтарь планируется установить в мемориальной капелле, которую предполагается обустроить на галерее южного нефа.